Zmiany, zmiany.

W drugiej połowie lat 90. XX wieku dokonano kolejnych zmian organizacyjnych w Uczelni, przekształcając Akademię w uczelnię wojskowo-cywilną. W latach 1998-1999 uruchomiono dwa zaoczne kierunki magisterskie: zdrowie publiczne oraz fizjoterapia. Wtedy też w nowej rzeczywistości polityczno-ekonomicznej zaistniała potrzeba zagwarantowania samowystarczalności finansowej. W tym celu, między innymi z inicjatywy ówczesnego Komendanta - Rektora płk. prof. dr. hab. med. Jana Chojnackiego, w sierpniu 2000 roku powołano Fundację WAM, której jednym z najważniejszych celów było pozyskiwanie środków finansowych wspierających działalność Uczelni. W tym samym roku Władze podjęły trójstronne rozmowy z Uniwersytetem Łódzkim i Akademią Medyczną w celu wzajemnej federacji. Powołano Międzyuczelniany Zespół ds. Integracji. Do połączenia uczelni w strukturach Uniwersytetu Łódzkiego nie doszło.
W 2002 roku w wyniku przeprowadzonej przez Ministerstwo Obrony Narodowej radykalnej reformy wyższego szkolnictwa wojskowego, oznaczającego likwidację resortowego systemu kształcenia lekarzy wojskowych, istnienie Wojskowej Akademii Medycznej zostało mocno zagrożone. W związku z zaistniałą sytuacją Władze Uczelni podjęły rozmowy z cywilną Akademią Medyczną dotyczące połączenia łódzkich wyższych szkół medycznych. Na mocy ustawy Sejmu Rzeczpospolitej Polskiej z 27 lipca 2002 roku powołano do istnienia Uniwersytet Medyczny w Łodzi, łącząc cywilną łódzką Akademię Medyczną i Wojskową Akademię Medyczną. Zadaniem nowopowstałej Uczelni jest kształcenie zarówno cywilnych, jak i wojskowych kadr medycznych.
Wojskowa Akademia Medyczna przez 45 lat swego istnienia wypromowała ponad 6 tysięcy oficerów, których cechuje profesjonalne wykształcenie i przygotowanie do pracy w szczególnych warunkach wojskowych. W tej grupie znajdują się lekarze, stomatolodzy i farmaceuci. Wielu absolwentów WAM brało udział w misjach pokojowych w różnych zakątkach świata. 190 pracowników uzyskało tytuł profesora zwyczajnego lub nadzwyczajnego, Rady Naukowe nadały 300 osobom stopień doktora habilitowanego i około 1800 - stopień doktora nauk.

Łódzka Wojskowa Akademia Medyczna była jedną z najbardziej cenionych wojskowych uczelni medycznych na świecie.